Diverse sono le ipotesi sull'origine del toponimo: da un ampio ghiaieto (glarea magna) collocato alle pendici del Monte Basso; oppure dal nome gentilizio romano Germanius. La località potrebbe identificarsi con la città romana di Forum Germanorum, dato il ritrovamento di reperti romani; oppure con un villaggio posto lungo l'antica via di collegamento che saliva verso i valichi alpini dell'Autaret e dell'Arnas e raggiungeva le Gallie. In documenti del 1034 viene citato come "Gramignano". A partire dal secolo XI la storia di Germagnano è legata alle vicende delle famiglie dei Visconti di Baratonia e dei Signori di Lanzo, che le ricevettero in feudo dalle abbazie di San Mauro di Pulcherada e di San Giacomo di Stura, diversi beni nel territorio delle Valli di Lanzo. Tuttavia dal 1270, secondo una tesi già nel secolo XII o dall'inizio del secolo XIII, Germagnano era un comune autonomo, nonostante l'appartenenza alla castellania di Lanzo.
Nel 1622 un incendio distrusse quasi completamente il paese e per questo motivo il duca Carlo Emanuele I esentò Germagnano da ogni tributo: da questa vicenda trae origine la fiamma portata in mano dal leone nel gonfalone comunale. Nel 1725 il Marchesato di Lanzo venne smembrato e il re Vittorio Amedeo II concesse "il contado" di Germagnano al colonnello Luigi Ignazio Faussone, governatore del forte di Bard.
